Styginių, pučiamųjų ir fortepijono skyrių 8-III gimnazijos klasių moksleiviai grojimo drauge įgūdžius tobulina kamerinio ansamblio pamokose. Šios metodinės grupės vedėja – Indrė Baikštytė. Skyriuje šiuo metu mokosi 48 ansambliai: nuo duetų iki kvintetų, kuriems vadovauja 14 mokytojų. Nacionalinės M. K. Čiurlionio menų mokyklos kameriniai ansambliai aktyviai dalyvauja respublikinėje ir tarptautinėje muzikinėje veikloje – dalyvauja koncertuose, festivaliuose, konkursuose, juose pelno aukščiausius apdovanojimus.
Akompanimento skyriuje I-IV gimnazijos klasių fortepijono specialybės moksleiviai mokomi akompanuoti vokalistams, styginiams ir pučiamiesiems instrumentams bei supažindinami su skaitymo iš lapo specifika. Skyriuje dirba penki mokytojai ir trys iliustratoriai.
Mokykloje yra 8-IV gimnazijos klasių simfoninis orkestras, kurio įkūrėjas profesorius Saulius Sondeckis, dabar orkestrui vadovauja Martynas Staškus.
5-6 klasių moksleiviai groja dar prieš keletą dešimtmečių šviesios atminties mokytojo Tado Šerno įkurtame smuikininkų ansamblyje (vadovas Artūras Šilalė).
Chorai dirba kaip koncertiniai ir mokomieji-studijiniai kolektyvai. 1-2 klasių chorui vadovauja mokytoja Eglė Ganusauskienė, 3-5 klasių chorui diriguoja metodinės grupės pirmininkė Saulė Kriščiūnaitė, su vyriausiais 6-12 klasių chorvedžiais dirba mokytojas Romualdas Gražinis.
Mokyklos orkestrai ir ansambliai