1950 m. mokyklą baigė pirmoji pianistų, 1952 m. - stygininkų, 1956 m. - chorvedžių ir pūtikų laida, 1957 m. – pirmieji teorinio skyriaus absolventai. Bėgant laikui, muzikos skyriuje mokėsi vis daugiau moksleivių ir 30-40 gabiausių kasmet baigdavo mokyklą. Šiuo metu muzikos skyriaus absolventų skaičius siekia per 1000. Ir dabartinių moksleivių, ir mokyklą baigusių pavardės dažnai pastebimos koncertų, rečitalių afišose, jie koncertuoja garsiosiose pasaulio scenose, groja orkestruose, ansambliuose, dalyvauja festivaliuose bei konkursuose. Šiuo metu muzikos skyriui vadovauja Eglė Čobotienė.

M. K. Čiurlionio menų mokyklos muzikos skyriuje mokėsi daug iškilių Lietuvos menininkų: Leopoldas Digrys, Feliksas Bajoras, Jonas Aleksa, Mūza Rubackytė, Gintaras Rinkevičius, Aldona ir Jurgis Dvarionai, Dovydas Geringas, Danutė Pomerancaitė, Marija Audronė ir Birutė Vainiūnaitės, Bernardas Vasiliauskas, Veronika Vitaitė, Petras Geniušas, Juozas Širvinskas – ir tai tik dalis asmenybių, kuriuos Nacionalinėje M. K. Čiurlionio menų mokykloje šiandien garbingai vadina jos mokiniais.